El Observatorio Astronómico de Cantabria está gestionado por el Centro de Investigaciones del Medio Ambiente (CIMA).
La Universidad de Cantabria, a través del Instituto de Física de Cantabria (IFCA, CSIC-UC), lleva a cabo la dirección y coordinación de las actividades científicas, observacionales, divulgativas y didácticas del Observatorio.
La Agrupación Astronómica Cántabra (AAC) realiza actividades de divulgación astronómica, observaciones, y se ocupa del mantenimiento técnico del Observatorio.
Además de las instalaciones y el mantenimiento del edificio, el CIMA aporta personal para realizar observaciones y atender a los visitantes.